Afyonkarahisar Mevlevîhânesi’nin ilk olarak kimin tarafından yaptırıldığı tartışmalıdır. Ancak bilinen ilk vakfiyesi, Germiyan Beyi I. Yakup Çelebi’nin 716/1316 yılında tanzim ettirdiği belgedir. Mevlevîhâne’nin ilk yapılışına dair kesin bir belge bulunmamakla birlikte, vakfiyenin düzenlendiği tarihten önce, yani 1300’lü yılların başlarında yapılmış olmalıdır. İlk önce zaviye olarak yapılan Mevlevîhâne, daha sonraları muhtelif tarihlerde ilavelerle genişletilmiştir. Mevlevîhâne’ye XVI. yüzyılın başlarında, Ahmet Paşa Camii de denildiğine dair kayıtlar mevcuttur.
Afyonkarahisar’da çıkan yangınlardan Mevlevîhâne de etkilenerek bir kaç kez yanmıştır. Bu yangınlar sonucunda yapılan tamir veya genişletme çalışmaları sırasında Mevlevîhâne değişikliklere uğramıştır. Arşiv kayıtlarına göre, 1260/1844 yılında Sultan Semâî-i Dîvânî Hazretlerinin hankahında, çok geniş tamir ve tadilata ihtiyaç duyulduğu anlaşılmaktadır. Bu sırada beş adet derviş odası, matbah, şeyh efendilere ait oda ile Sultan Dîvânî’nin türbesinin tamire muhtaç ve toprak damının yıkılmak üzere olduğu belirtilmektedir. Aynı zamanda hankah ile semahanenin dar gelmeye başlaması, Mevlevî ayinlerinin icrasında sıkıntı veriyordu. Bunun için hankahın biraz daha genişletilmesi ve derviş odalarının dokuza çıkarılması ön görülmüştür. Ayrıca, avluda da bir adet şadırvan yapılması planlanmıştır.
Diğer taraftan daha önce minberi ve minaresi bulunmayan Mevlevîhâne’nin tekye ve cami olarak kullanılabilmesi için, tuğladan bir minare ile bir minberin yapılması iradesi çıkmış olmasına rağmen, ödenek gelmediğinden yapılamamıştır. Tamir ve tadilatın tamamlanması için yapılan keşif sonucunda 101.815 kuruşa ihtiyaç olduğu belirtilmiştir. Ancak, Mevlevîhâne Evkâfı’nın geliri, hankahta bulunan fukara ve dervişlerin yiyecek masraflarına harcandığından tamire vakfın geliri yetmemektedir.
Bu sebeple hankahın tamir ve tadilat masrafı İstanbul Laleli Vakfı’ndan karşılanmıştır. Hankahın tamir edilmesiyle ilgili olarak, şair Ziver Paşa “Bu tarihim sezâ tahsîn
ederse evliya Ziver-Bu vâlâ-ı hankâh kutb-ı devrân eyledi ihyâ” (1260/1844) beytiyle
tarih düşürmüştür
Cami, hankah ve türbenin tamir ve tadilatlarının bitirilmesinin ardından Karahisar Mevlevîhânesi postnişini Şeyh Reşit Çelebi Efendi, 30 şevval 1261/3 Kasım 1845 tarihinde Sadaret’e gönderdiği bir yazı ile, padişaha teşekkürlerini arz etmiştir
Mevlevîhâne’nin çeşitli tarihlerde, çevresinde çıkan yangınlardan etkilenerek birkaç kez yangın geçirdiği anlaşılmaktadır. 1875 yılında çıkan bir yangınla Sultan Dîvânî Dergahı, Camii, Dede odaları ve müştemilatı yanarak viran olmuştur. Vakıf geliri imar ve inşasına yetmediği için, masrafın hazineden karşılanması kararlaştırılmıştır. Hazineden buraya para aktarılamayınca, Dergah Postnişini Kemalettin Çelebi, vakıf gelirinden bir kısım yerleri tamir ettirmiştir. Ancak bu tamir sırasında, Mahfel ve Şeyh Dairesi gibi yerler yapılamamıştır.
1302/1885 yılında hazine den gönderilen 30.000 kuruşla yeniden elden geçirilmiştir. O ana kadar fiziki mekan müsait olmadığı için beş vakit namazın kılınamadığı, ayin icra edilemediği anlaşılmaktadır. Bu tamirden sonra, beş vakit namaz kılınmaya ve Mevlevî ayini yapılmaya yeniden başlanılmıştır. Daha sonraki yıllarda viran olan dede odaları, matbah (mutfak) vs.nin tamir edilmesiyle ilgili, yapılan keşif sonucunda 49.494 kuruşa ihtiyaç olduğu anlaşılmaktadır. Daha önce de belirtildiği gibi, vakfın gelirinin tamir masraflarına yetmeyeceği ifade edilerek, masrafların devlet hazinesinden karşılanması istenmiştir. Ancak bu iş için, hazineden para aktarılmaması üzerine konu, 2 Safer 1313/25 Temmuz 1895 tarihinde Şura-yı Devlet’e havale edilmiştir.
Toprak damlı, ahşap Mevlevîhâne, Camii ve müştemilatı 1318/1902 yılında meydana gelen yangında tamamen yanmıştır. Mevlevîhâne’nin yeniden yapılması hususunda, masrafların yarısı vakıftan, diğer yarısı hazineden karşılanmak üzere toplam 400.000 kuruş için, irade çıkmıştır. Ancak, inşaat sırasında bazı kabirlerin yıkılması ile inşaatın bitim aşamasında kubbelerin çökmesi üzerine, geri kalan inşaatın tamamlanması için, gerekli 267.248 kuruştan 127.000 küsur kuruşun dergah şeyhi tarafından karşılanacağı belirtilmiştir. Geri kalan 140.000 kuruşun yarısı hazineden, diğer yarısının da vakıftan karşılanmas› için, 11 şaban 323/11.10.1905 tarihinde padişahın iradesine sunulmuştur. 
Neo-klasik-barok uslûpta yapılan Mevlevîhâne inşasının 1326/1908 yılında tamamlandığına dair şair Çizmecioğlu Vehbi tarih düşürmüştür. Diğer taraftan Mevlevîhâne, Mevlânâ torunları ve tarikat mensubu bazı şahısların mezarlarını içerisinde bulundurması yönüyle de ayrı bir özellik taşımaktadır. Mescit, türbe ve semahane bir çatı altında bulunmaktadır. 1925 yılında tekke ve zaviyeler kapatılırken, Mevlevîhânenin minaresi ve mihrabı olması sebebiyle camiye çevrilmiştir.
