Cemiyetin Başkanı olan Öğretmen Süleyman Gönçer, 1931 yılında resmi müze deposu haline getirilen medreseye memur olarak atanmıştır. Aynı zamanda Halkevlerinin Müzecilik ve Sergi Kolu Başkanı da olan Süleyman Bey, resmi kuruluşların ve Halkevinin de desteğiyle depoyu zenginleştirmiştir. 1933 yılında Müze Müdürlüğü haline gelen müze Cumhuriyetimizin 10. yılında resmen açılmış ve başına Süleyman Bey getirilmiştir.
1933 yılından 1970 yılına kadar karma müze olarak hizmet veren Afyon Müzesi, 1971 yılında Müze Müdürlüğü ve Arkeoloji Müzesi'nin bulunduğu yeni binasına taşınmıştır.
1971 yılından itibaren etnografik özellikli taş eserlerin deposu durumunda bırakılan Gedik Ahmet Paşa Medresesi, 1978 yılında başlatılan ve 1994 yılına kadar süren onarımı, teşhir ve tanzimi sonucu 1995 yılında Türk İslam Eserleri Müzesi olarak ziyarete açılmış, ancak binadaki giderilemeyen yoğun rutubetin eserlere zarar vermesi nedeniyle, 1996 yılında kapatılarak eserler Müdürlük bünyesindeki depoya alınmıştır. Burada yeniden teşhir ve tanzimi yapılacaktır.
Arkeoloji Müzesi, oldukça zengin bir koleksiyona sahiptir. Burada Eski Tunç, Hitit, Frig, Lidya, Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerine ait önemli eserler yer almaktadır. Bunlar arasında mermer heykelleri, şehir sikkeleri, Kusura kazısı buluntuları, Hitit ve ana tanrıça heykel ve figürleri de vardır.
Müze Müdürlüğünde;
Arkeolojik Eser: 13.276 Adet
Etnoğrafik Eser: 4484 Adet
Sikke: 26. 564 Adet
Arşiv Vesikası: 26 Adet
El Yazması Kitap: 33 Adet
TOPLAM: 44.383 Adet
