Emirdağ merkez ve çevresi Anadolu’daki bütün tarihi devirleri yaşamıştır. Davulga-Bademli kasabaları arasındaki Harmanören mevkisinde çıkartılan ve Afyon Müzesinde bulunan tarihi malzemeler bu bölgenin arkaik devri yaşadığını gösterir. Bu bölgede Firikya ve Roma devrine ait eserler çoktur. Firikler zamanında başkent olan Ordione, ruhanı merkez Pessiniüs (Sivrihisar İlçesi Balhisar Köyü) askeri merkez olan Apmia (Dinar İlçesi) arasında kaldığı için çok gelişmiştir. Bu üç merkez arasındaki yollar Petera (A.Kurudere Köyü), Oristüs (Çifteler Alikan Köyü), Amorium (Hisar Köyü) gelişmesini sağlamıştır. İlk çağın büyük filozofu Ezop, Amorium' ludur. Bu devirde yapılan adak taşları A.Piribeyli Kasabasında (Pisia) bolca vardır. Roma zamanında yapılan ünlü malius seferi o devirde Gatalya bölgesi denilen buraya yapılmıştır. Amorium M.S. 4.cü asırda Roma İmparatorluğunun ve dünyanın altıncı büyük şehridir. Etrafı surlarla çevrilidir. Roma devri kayıtlarında ve Bizans kilise listelerinde büyük dini ve idari merkez olduğu yazılıdır. Halen Hamzahacılı köyündeki türbenin kenarında duran büyük kartal kabartması Roma devrindeki hükümet konağının üzerinde bulunuyordu. Hisar Köyü (Amorium) da kazı çalışmaları her yıl yaz aylarında yapılmakta eski döneme ait tarihi kalıntılar çıkarılmaktadır. Bu eserler bu civarın tarihi zenginliğini göstermektedir.
Türkler bu bölgeye on birinci yüzyılda gelmeye başlamışlardır. Harmanörende bulunup Afyonkarahisar müzesinde sergilenen Türkmen mezar taşları bu devrin belgesidir. O mezar taşları üzerinde Türkmen aşiretlerinin haçlılarla mücadelesi anlatılır. Ayrıca aynı mezar taşlarında Türkmenlerin günlük yaşayışları anlatılmıştır.
Bu bölgeye ilk iskan olan Türkmen aşireti, Morcali Türkmenleridir. Ağılcık- Dağılgan - Pörnek(Yenikapı) – Ekizce – Güneysaray – Tez – Adayazı - Elhan - Gömü - Hamzahacılı - Karacalar - Sığracık - Soğukkuyu - Suvermez - Tabaklar - Türkmenakören - Yarımca - Yavuz - Çiftlik- Eskicırgın (Kuruca Köyü) halkı bu aşirettendir. Daha sonra Karabağ Türkmenleri gelmiştir. Bademli - Davulga - Yeniköy - Avdan - A.Aliçomak - Daydalı - Eşrefli - Gelincik -İncik - Karakuyu Köy halkları bu Türkmen boyundandır. Emirdağ merkezi Musahocalı aşiretindendir. Hicrî 1146 (m. 1734) tarihinde Musul vilayetinin Rakka sancağından Anadolu’ya gönderilen bu aşiret Musul’dan geldiği için, bir kısım aşiret iskan kayıtlarında Muslucalı ismi ile gelmiştir. Yedi kabile halinde gelen bu Türkmen aşireti büyük Bozulus aşiretine bağlıdır. Aşiret kışın Emirdağ yaylalarında yazın Çankırı'da yaylamak kaydı ile buraya gelmiştir. 1752 tarihli 701 numaralı aşiret iskan defterinde bu aşiretin konar göçerlikten men edilip, yerleşmesi ferman buyrulmuştur. Bunun üzerine Kaçarlı, İncili, Çilli, Eskicırgın adı verilen şimdiki yerine iskan olmuştur. Hicri 1260 (m. 1844) tarihli Afyonkarahisar şerhi mahkeme kaydında Cırgın Kariyesi (köyü), İncili Mahallesi ismi geçer. Aşiretin diğer kabilelerinde tamburacı cemaati, Suvermez Köyüne, Oşili Cemaati, Türkmenakören ve Yarımca Köyüne, Hacıfakılı Cemaati Hamzahacılı Köyüne, Caferli Cematide muhtelif köylere yerleşmiştir.
Daha sonra Boynuyonlu (Türkmen) aşireti gelerek Alibeyce, Beyköy, Gökçeyaka, Kılıçlı Kavlaklı, Burunarkaç, Gözeli, Kırkpınar, Bağlıca, Köylerine iskan olmuşlardır.
Bunun yanı sıra Emirdağ ve civarında Karakeçili, Karatekeli, Horzumlu Yörükleride Balcam, Başkonak, Çatallı, Dereköy, Emirin, Soğukkuyu, Tez, Demircili, Türkmen, Çaykışla, Güveçci Köylerinde iskan olmuştur. Ayrıca 1877-1950 yılları arasında Rumeliden gelen muhtelif göçmenlerde Hisar, Salihler, Toklucak, Yarıkkaya, Umraniye, Ablak, Aydınyaka, Beyören. Camili, Eskiakören, Kılıçlar, Karayatak, Yusufağa, Topdere, Köylerine yerleşmişlerdir.
Emirdağ ve köyleri 1850'ye kadar kısmen Barçınlı (Bayat İlçesi) kısmen de vahid-i Barçınlı’ ya (Bolvadin Kemerkaya Kasabası'na) bağlanmış, 1850'den sonra musluca nahiyesi kurulmuştur. 1870 yılında Aziziye ismiyle ilçe merkezi olmuştur. Barçınlı (Bayat İlçesi) han-ı barçın (Eskişehir Han İlçesi) nahiyeleri, 130 adet köy Aziziye' ye bağlanmıştır. 1937 yılında Aziziye adı kaldırılarak güneyinde bulunan Emirdağlarına izafeten Emirdağ ismini almıştır. 1918'de başlayan 1922'de biten Kurtuluş Savaşında Emirdağ stratejik olarak önemli bir yer işgal etmiştir.
Bölge, Yunanlılar tarafından 16 Ağustos 1921'de işgal edilmiş ve 22 Eylül 1921'de işgalden kurtulmuştur.
İşgalde Yunanlılar Emirdağ, Haymana, Mihalıççık ve bölgesinde 66 köyün tamamını ve 57 köyün bir bölümünü yakıp yıkmışlardır.
09 Aralık 1921'de Atatürk ve erkan-ı harp miralayı Arif Bey Emirdağ' a gelmiştir. Atatürk 25 Mart 1922'de Emirdağ'a gelerek savaşın gidişatını yönetmiş ve üç gün burada kalmıştır. İstiklal Savaşında düşmanın hava akınları ile şehit düşen iki Mehmetçiğin aziz hatıralarına hürmeten 1963 yılında ilçe turizm ve kalkındırma derneği tarafından Suvermez Köyünde ve yol kenarında bir şehitler abidesi yaptırılmış olup daha sonra şehitlik milli savunma bakanlığı adına tahsis edildiğinden abide restore edilmiştir. Her yıl 15 Mayıs'ta anma töreni bu şehitlikte yapılmaktadır. Ayrıca Tez Köyünde de beş İstiklal Savaşı şehidinin mezarı bulunmaktadır.
