Paristen döndükten sonra Karadağ ve Sırp Muharebelerinde doktor olarak Semiceye gönderilmiş, savaş sonunda ise İstanbul'a dönmüştür.
İstanbulda Tıp okulunda teşrih (anatomi) ilmi üzerine Yardımcı Muallim, biraz sonrada Muallim olmuştur. ( H.1295, M.1879)
Doktor Mazhar Paşa gece gündüz durmadan çalışarak ‘Külliyat-ı Teşrih (Anatomi) adıyla iki cilt olarak A.Jamin den çevrilen, daha sonra ‘Renkli Teşrih Atlası' (Anatomi Atlası), 7 cilt olarak ‘Teşrih-i Topografı (Anatomi Topograf Yazısı' ile son olarak ‘Mebhas-ul Asab (Asab-Sinir İlmi) adlı eserlerini bizlere kazandırmıştır. Yarım yüzyıla yakın hocalığı sırasında büyük hizmetlerde bulunmuş ve ‘Lugat-ı Tab (Tıp Sözlüğü) hazırlanmasına yardımcı olmuş ve yol göstermiştir.
Bir ara ‘Mekatibi Askeriye Nezareti' Nazır Vekilliğine atanan Ord. Prof. Dr. Hasan Mazhar Paşa ilk tıp akademisinin kurucusu olarak da tıp tarihine adına yazdırmıştır. Modern Anatomi Tedrisatını yerleşmesini sağlayan da O dur.
İyi huylu, güleryüzlü, şen ve musıki hayranıdır. Çok güzel kanun çalıp, kemandan hoşlanan biridir. Ferikliye (Korgenaralliğe) kadar yükselmiş ve emekli olmuştur. Emeklilikte de yine ders vermeyi sürdürmüş olup, 30 Aralık 1920'de yılı sonunda hayata gözlerini yummuştur. Karacaahmet mezarlığına gömülmüştür.